-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathfactorexperiment.py
297 lines (266 loc) · 19.2 KB
/
factorexperiment.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
import numpy as np
import tensorflow as tf
from relaxflow.relax import RELAX
import time
dtype = 'float64'
import tqdm
from collapsedclustering import CollapsedStochasticBlock, KLcorrectedBound
import tensornets as tn
from itertools import product
#FLAGS
timeit = False #log compute time of every op for Tensorboard visualization (costly)
calculate_true = True #calculate true tensor and MPS (WARNING: can cause OOM for N>>14)
do_anneal = False #do entropy annealing
name = 'varreduc'
datatype = 'random' #'random', 'blocked', or 'karate'
version = 1
N = 7 #number of vertices in graph
Ntest = 5 #number of edges to use for testing
K = 3 #number of communities to look for
nsamples=100 #number of gradient samples per iteration
steps = 10000 #number of optimization iterations
decay_steps = 600 #number of steps between learning rate decay
anneal_decay_steps = 100 #number of steps beteween anneal decay
projection_steps = 1 #how often to project
rate = 0.001 #learning rate used in optimizer
anneal_rate = 70. #initial annealing inverse temperature
nmodes = 20 #modes to find using standard VB to use in initialization schemes
temperature = 0.1
folder = name + 'D{}V{}N{}K{}S{}'.format(datatype,version, N, K, nsamples)
#factors variations to run experiments over
copies = 1
coretypes = ['','canon'] #types of cores to try
#Options are: '' for ordinary cores, canon' for canonical, and 'perm' for permutation-free
inittypes = ['random','expectation'] #whether to run an initialization routine
#Options are: 'random' for random values, 'entropy' for maximum marginal entropy, 'rank1' for minimum norm to tensor mixture of 10 modes the model,
#'expectation' for maximum expectation of the the previous tensor mixture under q.
maxranks = [9]
optimizers = ['Adam'] #optimizer to use for the stochastic gradients
#Options are: 'SGD', 'Adadelta', 'Adam'
objectives = ['relax']
projection = [False]
decay_rates = [0.95] #decay rates for learning rate
anneal_rates = [1.] #decay rates for entropy annealing schedule
factor_code = ['T','I','O','B', 'P', 'L','A','R']
factors = [coretypes, inittypes, optimizers, objectives, projection, decay_rates, anneal_rates, maxranks]
short_key = True
active_factors = [len(factor)>1 for factor in factors]
all_config = product(*factors)
config_count = np.prod([len(factor) for factor in factors])
copy_writer = []
np.random.seed(1)
tf.reset_default_graph()
#generate mask of observed edges
if Ntest > 0:
mask = np.random.randn(N,N) + np.triu(np.inf*np.ones(N))
mask = mask < np.sort(mask.ravel())[Ntest]
mask = np.logical_not(np.logical_or(mask,mask.T))
else:
mask = np.ones((N, N), dtype=bool)
mask = np.triu(mask, 1)
predictionmask = ~mask
mask = tf.convert_to_tensor(mask.astype(dtype))
predictionmask = tf.convert_to_tensor(predictionmask.astype(dtype))
if datatype is 'random':
X = np.random.randn(*(N, N)) > 0.5
X =(1.-np.eye(N))*(np.tril(X) + np.tril(X).T)
if datatype is 'blocked':
split = N//(K+1)
remainder = N - K*split
strengths = 0.1*np.one((N-remainder, N-remainder)) + 0.8*np.eye(N-remainder)
strengths = np.bmat([[strengths, 0.5*np.ones((N-remainder,remainder))],[0.5*np.ones((remainder,N-remainder)), 0.5*np.ones((remainder, remainder))]])
X = strengths > np.random.randn(N, N)
X = (1.-np.eye(N))*(np.tril(X) + np.tril(X).T)
elif datatype is 'karate':
Akarate = np.array([ [ 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0.],
[ 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0.],
[ 1., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 1., 0.],
[ 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 1., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 1., 0., 1., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 0., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 1.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 1., 1.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 1., 0., 1., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 0., 1.],
[ 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0.]])
X = Akarate[:N, :N]
cores = {}
q = {}
softelbo = {}
softpred = {}
softobj = {}
pred = {}
opt = {}
step = {}
equalize_ops = []
init_opt = {}
init_ops = {}
proj_opt = {}
alpha_update = {}
qtensor = {}
copy_summary = [[] for copy in range(copies)]
global_step = tf.Variable(1, name='global_step', trainable=False, dtype=tf.int32)
increment_global_step_op = tf.assign(global_step, global_step+1)
with tf.name_scope("model"):
p = CollapsedStochasticBlock(N, K, alpha=1, a=1, b=1)
#p = CollapsedStochasticBlock(N, K, alpha=100, a=10, b=10)
Z = tf.Variable(2.*tf.random_normal((nmodes, N, K), dtype=dtype))
antiZ = 10.*tf.random_normal((nmodes, N, K), dtype=dtype)
anchors = tf.concat([tf.nn.softmax(Z),tf.nn.softmax(antiZ)],axis=0)
bounds = -tf.reduce_mean([KLcorrectedBound(p, X, [z]).bound for z in tf.unstack(Z, axis=0)])
mode_opt = tf.contrib.opt.ScipyOptimizerInterface(bounds, var_list=[Z])
Xt = tf.constant(X)
print("building models...")
for config in tqdm.tqdm(all_config, total=config_count):
coretype, init, opt_name, objective_name, do_project, decay_rate, anneal_decay_rate, R = config
if short_key:
config_name = ''.join([''.join([key, str(value)]) for key, value, active in zip(factor_code, config, active_factors) if active])
else:
config_name = ''.join([''.join([key, str(value)]) for key, value in zip(factor_code, config)])
with tf.name_scope(config_name):
for copy in range(copies):
if short_key:
configc = tuple([factor for factor, active in zip(config, active_factors) if active] + ([copy] if copies>1 else []))
else:
configc = config + (copy,)
#set coretype
if coretype is 'canon':
ranks = tuple(min(K**min(r, N-r), R) for r in range(N+1))
cores[configc] = tn.Canonical(N, K, ranks, orthogonalstyle=tn.OrthogonalMatrix)
elif coretype is 'perm':
ranks = tuple(min(K**min(r, N-r), R) for r in range(N+1))
repranks = (1,)+tuple(min((2)**min(r, N-r-2)*K, R) for r in range(N-1))+(1,)
cores[configc] = tn.PermutationCore_augmented(N, K, repranks, ranks)
else:
ranks = tuple(min(K**min(r, N-r), R) for r in range(N+1))
cores[configc] = tn.Core(N, K, ranks)
#build q model
if do_anneal:
anneal_invtemp = 1.+tf.train.exponential_decay(tf.cast(anneal_rate, dtype), global_step, anneal_decay_steps, anneal_decay_rate, staircase=True)
else:
anneal_invtemp = 1.
q[configc] = tn.MPS(N, K, ranks, cores=cores[configc])
cvweight = 1.
if objective_name is '':
objective, elbo, loss, entropy, marginalentropy, marginalcv = (q[configc].elbo(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask), nsamples=nsamples, fold=False, report=True, cvweight=cvweight, invtemp=anneal_invtemp))
elif objective_name is 'modes':
objective, elbo, loss, entropy, marginalentropy, marginalcv = (q[configc].elbowithmodes(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask), anchors, nsamples=nsamples, fold=False, report=True, cvweight=cvweight, invtemp=anneal_invtemp))
elif objective_name is 'relax':
relax_params = q[configc].buildcontrol(lambda sample: -tf.reduce_mean(p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask) - tf.log(1e-16+q[configc].batch_contraction(sample))), nsamples=nsamples, fold=False)
objective, elbo, loss, entropy, marginalentropy, marginalcv = (q[configc].elbo(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask), nsamples=nsamples, differentiable=False, fold=False, report=True, cvweight=cvweight, invtemp=anneal_invtemp))
grads, vargrads = RELAX(*relax_params, cores[configc].params(), var_params=q[configc].var_params())
grads = grads + vargrads
elif objective_name is 'relax_neural':
pass
#objective, elbo, loss, entropy, marginalentropy, marginalcv = (q[configc].elbowithmodes(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask), anchors, nsamples=nsamples, fold=False, report=True, cvweight=cvweight, invtemp=anneal_invtemp))
pred = q[configc].pred(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=predictionmask), nsamples=nsamples, fold=False)
softpred[configc] = tf.reduce_mean(pred)
softelbo[configc] = tf.reduce_mean(elbo)
softobj[configc] = tf.reduce_mean(objective)
if calculate_true:
qtensor[configc] = q[configc].populatetensor()
#set initialization mode
if init is 'random':
mode_loss = tf.convert_to_tensor(np.array(0.).astype('float64'))
elif init is 'rank1':
mode_loss = tf.reduce_sum(tn.norm_rank1(q[configc], tf.nn.softmax(Z)))
elif init is 'entropy':
mode_loss = -(q[configc].marginalentropy())
elif init is 'expectation':
mode_loss = -tf.reduce_sum(tf.log(q[configc].batch_contraction(tf.nn.softmax(Z))))
init_ops[configc] = tf.group(q[configc].set_temperature(temperature), q[configc].set_nu(1.))
init_opt[configc] = tf.contrib.opt.ScipyOptimizerInterface(mode_loss, var_list=cores[configc].params(),method='CG')
if do_project:
project_loss = -(q[configc].marginalentropy())
proj_opt[configc] = tf.contrib.opt.ScipyOptimizerInterface(project_loss, var_list=cores[configc].params(),method='CG')
#build optimizers
decayed_rate = tf.train.exponential_decay(tf.cast(rate, dtype), global_step, decay_steps, decay_rate, staircase=True)
if objective_name is not 'relax' and objective is not 'relax_neural':
grads = zip(tf.gradients(-softobj[configc], cores[configc].params()), cores[configc].params())
if opt_name is 'Adam':
opt[configc] = tf.train.AdamOptimizer(learning_rate=decayed_rate)
step[configc] = opt[configc].apply_gradients(grads)#minimize(-softobj[configc], var_list=cores[configc].params())
elif opt_name is 'Adadelta':
opt[configc] = tf.train.AdamOptimizer(learning_rate=decayed_rate)
step[configc] = opt[configc].apply_gradients(grads)#.minimize(-softobj[configc], var_list=cores[configc].params())
elif opt_name is 'SGD':
opt[configc] = tf.train.GradientDescentOptimizer(learning_rate=decayed_rate)
step[configc] = opt[configc].apply_gradients(grads)#.minimize(-softobj[configc], var_list=cores[configc].params())
#build summaries
copy_summary[copy] += [tf.summary.scalar('objective', tf.reduce_mean(objective)),
tf.summary.scalar('ELBO', tf.reduce_mean(elbo)),
tf.summary.scalar('pred', tf.reduce_mean(pred)),
tf.summary.scalar('logp', tf.reduce_mean(loss)),
tf.summary.scalar('entropy', tf.reduce_mean(entropy)),
tf.summary.scalar('marginalentropy', tf.reduce_mean(marginalentropy)),
tf.summary.scalar('temperature',tf.reduce_mean(q[configc].temperatures)),
tf.summary.scalar('nu',q[configc].nu)]
if timeit:
run_options = tf.RunOptions(trace_level=tf.RunOptions.FULL_TRACE)
run_metadata = tf.RunMetadata()
train = tf.group(*step.values())
summaries = [tf.summary.merge(copy_summary_n) for copy_summary_n in copy_summary]
sess = tf.Session()
with tf.name_scope("truemodel"):
if calculate_true:
with sess.as_default():
logptensor = p.populatetensor(X, observed=mask)
logZ = np.logaddexp.reduce(logptensor.ravel())
ptensor = np.exp(logptensor - logZ)
pcore, pmps = tn.full2TT(np.sqrt(ptensor))
true_loss_op = tf.reduce_mean(pmps.elbo(lambda sample: p.batch_logp(sample, Xt, observed=mask), nsamples=nsamples, fold=False))
init = tf.global_variables_initializer()
sess.run(init)
if calculate_true:
true_loss = sess.run(true_loss_op)
with tf.name_scope("optimization"):
print("Starting optimization.")
copy_writer = []
for copy in range(copies):
copy_writer.append(tf.summary.FileWriter('./train/' + folder + '_copy{}'.format(copy), sess.graph))
mode_opt.minimize(sess)
print('Initializing...')
for init, init_op in zip(init_opt.values(), init_ops.values()):
sess.run(init_op)
init.minimize(sess)
print('Starting gradient ascent...')
if calculate_true:
print("ELBO at optimum: {}".format(true_loss))
for it in tqdm.tqdm(range(steps), desc='Optimization step', total=steps, leave=False):
if timeit:
_, _, it_summary = sess.run([train, increment_global_step_op, summaries],
options=run_options,
run_metadata=run_metadata)
else:
_, _, it_summary = sess.run([train, increment_global_step_op, summaries])
for writer, it_summary_copy in zip(copy_writer, it_summary):
writer.add_summary(it_summary_copy, it)
if timeit:
writer.add_run_metadata(run_metadata, "trace{}".format(it))
if it % projection_steps == 0:
for proj in proj_opt.values():
proj.minimize(sess)
Zq = q[()].populatetensor().eval(session=sess)