diff --git a/misc/cluster_benchmark.py b/misc/cluster_benchmark.py index 2284a89..708b547 100644 --- a/misc/cluster_benchmark.py +++ b/misc/cluster_benchmark.py @@ -26,7 +26,7 @@ filename = args.output + "/summary.tsv" csv_reader = csv.reader(open(filename)) tsp = {} -with open('./toyset/cluster_benchmark/input/sample_ref.fa', 'r') as f: +with open('./toyset/cluster_benchmark/input/ref.fa', 'r') as f: for count, line in enumerate(f, start=1): if count % 2 == 1: l = line.split() diff --git a/toyset/cluster_benchmark/input/ref.fa b/toyset/cluster_benchmark/input/ref.fa new file mode 100644 index 0000000..b9754df --- /dev/null +++ b/toyset/cluster_benchmark/input/ref.fa @@ -0,0 +1,16072 @@ +>ENST00000266069.5 cdna chromosome:GRCh38:20:62938147:62948475:1 gene:ENSG00000101193.8 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:GID8 description:GID complex subunit 8 homolog [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15857] 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