Dockerfile

FROM centos:7

# Inspired by instructions at https://wiki.galaxyproject.org/Admin/GetGalaxy



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# Dependency: Python 2.6 or 2.7
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# Currently, Python 2.7.5 is default version
RUN python --version



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# Dependency: Make, GCC
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# GNU Make, gcc to compile and install tool dependencies
RUN yum install -y gcc make



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# Install: Galaxy Project
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ENV GALAXY_VERSION	16.01
ENV GALAXY_PATH		/opt/galaxy-${GALAXY_VERSION}
ENV PATH		$GALAXY_PATH:$PATH

RUN curl https://codeload.github.com/galaxyproject/galaxy/tar.gz/v${GALAXY_VERSION} -o galaxy.tar.gz  && \
    tar -xzf galaxy.tar.gz  && \
    rm -f galaxy.tar.gz  && \
    mv galaxy-${GALAXY_VERSION} /opt/



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# Configure
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# Starting the server for the first time will download/create the dependent Python eggs, configuration files, etc.
RUN run.sh --daemon
# FIXME: should not run in daemon mode here. How to install all dependencies without starting the server ???

# Add configuration file so that server starts on port 80 and listen on all IPs by default
COPY ./galaxy.ini $GALAXY_PATH/config/



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# PORTS
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EXPOSE 80


ENTRYPOINT ["run.sh"]