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Copy pathscript_main_molecules_graph_regression_ZINC-full_500k.sh
executable file
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script_main_molecules_graph_regression_ZINC-full_500k.sh
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#!/bin/bash
############
# Usage
############
# bash script_main_molecules_graph_regression_ZINC-full_500k.sh
############
# GNNs
############
#MLP
#GCN
#GraphSage
#GatedGCN
#GAT
#MoNet
#GIN
#3WLGNN
#RingGNN
############
# ZINC-full - 4 RUNS
############
seed0=41
seed1=95
seed2=12
seed3=35
code=main_molecules_graph_regression.py
dataset=ZINC-full
out_dir=out/molecules_graph_regression/ZINC_full/
tmux new -s benchmark -d
tmux send-keys "source activate benchmark_gnn" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_GCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_GCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_GCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_GCN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_GraphSage_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_GraphSage_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_GraphSage_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_GraphSage_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_GAT_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_GAT_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_GAT_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_GAT_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_MoNet_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_MoNet_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_MoNet_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_MoNet_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_GIN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_GIN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_GIN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_GIN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_GatedGCN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --edge_feat True --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --edge_feat True --init_lr 1e-4 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --edge_feat True --init_lr 1e-4 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --edge_feat True --init_lr 1e-4 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --edge_feat True --init_lr 1e-4 --config 'configs/molecules_graph_regression_3WLGNN_ZINC_L8_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 0 --seed $seed0 --edge_feat True --init_lr 1e-5 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 1 --seed $seed1 --edge_feat True --init_lr 1e-5 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 2 --seed $seed2 --edge_feat True --init_lr 1e-5 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_L8_500k.json' &
python $code --dataset $dataset --out_dir $out_dir --gpu_id 3 --seed $seed3 --edge_feat True --init_lr 1e-5 --config 'configs/molecules_graph_regression_RingGNN_ZINC_L8_500k.json' &
wait" C-m
tmux send-keys "tmux kill-session -t benchmark" C-m