pipeline_viral.sh

#!/bin/bash

echo -e "#################################################################################" "\n"
echo -e         ===== Iniciando pipeline para análisis de genomas virales ===== "\n"
echo -e                      ===== Inicio del pipeine: $(date) ===== "\n"
echo -e "#################################################################################" "\n"

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# Script para obtener estadisticos de lecturas crudas, reaizar trimming y obtener estadisticos pos-trimming
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bash estadisticas_lecturas_virus.sh

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# Script para filtrar las secuencias virales de la muestra
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bash bowtie2_viral.sh

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# Script para reaizar el ensamble con SPAdes con la opción --meta
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bash metaSPAdes_viral.sh

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# Script para btener las estadisticas de los ensambles obtenidos con SPAdes
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bash Estadisticos_ensamble_virus.sh

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# Scripts para realizar la identificación taxonómica de genero y especie
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bash kraken2_viral.sh

bash kmerfinder_viral.sh

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# Script para identificar los contigs de virus con BLASTn
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#bash BLAST_virus.sh

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# Mover todos los archivos de resultados a una sola carpeta
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bash results_virus.sh

echo -e "######################################################################################"
echo -e ===== Pipeline de análisis de genomas virales completado: $(date) =====
echo -e "######################################################################################"