clase RNA-seq LCGEJ2022

Presentación: https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#1

Contenido de curso de RNA-seq de la Red Mexicana de Bioinformática: https://comunidadbioinfo.github.io/minicurso_abr_2021/

Clonar este repositorio

git clone https://github.com/mpadilla905/clase_RNA-seq_LCGEJ2022.git

Recuerda hacer tu git token primero. Ve a https://github.com/settings/profile > Selecciona <> Developer Settings de la lista > Personal Access Tokens > Generate new token

• Dale un nombre
• Selecciona la duración del token
• Selecciona los permisos que tendrás con dicho token en github

Ve a Generate token > Guarda muy bien en algún archivo este token pues no se te volverá a mostrar en github de nuevo.

Actualiza tu instancia del repo y abre la presentación

cd [path/a/dir/con/repo]/clase_RNA-seq_LCGEJ2022.git
git pull
xdg-open slides_RNA-seq.html

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Requisitos

Programas

• kallisto
• R > 4.0
• RStudio
• Paquetes de R con Bioconductor
  • Biconductor
  • DESeq2
  • tximport

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.13")

paquetes = c("DESeq2", "tximport")
BiocManager::install(paquetes)

• Paquetes de R
  • wordcloud (opcional)
  • RColorBrewer (opcional)
  • tidyverse
    • dplyr, stringr

install.packages("tidyverse")
installed.packages("wordcloud")
install.packages("RColorBrewer")

Datos

• SRA Run Selector: SRP267712

• Descarga: https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#22

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Agenda

Día	Temas	Link a presentación
1	Overview y Pre Análisis	https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#2
2	Alineamiento y Conteo crudo	https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#20
3	Integracion de datos, Normalización y Corrección por batch effect	https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#35
4	Normalización con DESeq 2, Intro a Análisis de Expresión Diferencial y Análisis Funcional	https://mpadilla905.github.io/clase_RNA-seq_LCGEJ2022/slides_RNA-seq.html#52