Atelier de prédiction et sélection génomique

Ce répertoire contient le matériel pédagogique utilisé lors de l'atelier de prédiction et sélection génomique organisé et animé depuis 2015 par Jacques David (Montpellier SupAgro) et Timothée Flutre (INRAE). Cet atelier se déroule dans le cadre des options APIMET (3e année du cursus d'ingénieur agronome) et SEPMET.

• Depuis 2016, Philippe Brabant (AgroParisTech) et ses collègues sont associés à cet atelier, dans le cadre de la spécialisation PISTv (3e année du cursus d'ingénieur).

• En 2017 et 2018, Friedrich Longin (Université de Hohenheim) a participé à l'atelier, en présentant ses travaux sur l'optimisation des schémas de sélection.

• En 2018, Julien Diot (étudiant en option Data Science de Montpellier SupAgro) a participé à l'atelier en tant que développeur principal de l'interface web du jeu sérieux (code).

• Depuis 2019, l'encadrement de l'atelier a évolué, avec T. Flutre qui est parti à l'UMR GQE-Le Moulon et de nouveaux collègues qui sont arrivés, comme Charlotte Brault (doctorante avec l'IFV) et Vincent Ségura (INRAE).

Le copyright concernant le matériel pédagogique de l'atelier appartient à l'INRAE, Montpellier SupAgro, AgroParisTech et/ou l'université de Hohenheim. Afin de favoriser la collaboration pédagogique, le contenu des documents est sous licence Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International (CC BY-SA 4.0).

Les différentes versions du matériel pédagogique sont gérées avec le logiciel git, et le dépôt central est hébergé sur GitHub. Le contenu du dépôt évolue d'une année sur l'autre, mais le contenu d'une année donnée est récupérable via les étiquettes (tags).

Reproductibilité

Un effort marqué a été fourni pour produire du matériel pédagogique reproductible. Voici par exemple le mode opératoire pour reproduite le matériel pédagogique du document premiers-pas:

• téléchargez une version récente du logiciel R (>= 3.0)

• téléchargez une version récente du logiciel RStudio

• téléchargez le paquet MASS via la commande suivante dans R: install.packages("MASS")

• téléchargez le fichier premiers-pas.Rmd à partir de GitHub (cliquez sur Raw en haut à droite, puis faites un "clic droit" et "Enregistrez-sous" pour le sauver dans votre dossier de travail); enlevez l'extension .txt si elle a été rajoutée automatiquement (il faut que le nom du fichier se termine par .Rmd).

• ouvrez RStudio, faites File puis Open file..., et sélectionnez le fichier Rmd que vous venez de sauver; si les accents s'affichent mal, cliquez à nouveau sur File puis Reopen with encoding... et choisissez UTF-8.

• cliquez sur Knit HTML (installez les paquets requis si ce n'est pas déjà fait); RStudio va mouliner pour convertir le fichier au format Rmd en un fichier au format HTML, et ce dernier devrait ensuite apparaître à l'écran; comme tout fichier HTML, vous pouvez aussi l'ouvrir avec tout navigateur web